1、化肥的优点是它的养分含量高、见效非常快、达到增产的效果。
2、化肥的缺点也很多。比如它的养分比较单一，一般使用化肥都要和几种肥料一起搭配使用，释放养分非常的快，纵向平衡供应养分比较差；很容易发挥掉、淋溶掉、固定等途径损失掉，肥料利用不是很高；化肥如果施用不当的话，不仅会对植物生长不利，还有可能对土壤不利，使土壤变劣，降低土壤的肥力。
有机肥是富含有机质肥料的统称，它主要包括农家肥、人粪尿、各种禽畜类圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草、落叶、沼肥等，当然也包括商品有机肥。
植物（包括果树）不能直接吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，果树吸收利用的是有机物质经过腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。所以严格的说，未经发酵腐熟的人粪尿、各种禽畜粪、树枝、农作物秸秆、柴草落叶等，只能叫做有机物，不是有机肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生长不光需要氮、磷、钾等无机合成营养和矿物质营养，更需要腐殖酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土壤、土壤微生物和植物营养的纽带，处于植物营养的中心位置。
有机营养的主要作用有：
（1）直接参与植物新陈代谢。植物可以直接吸收简单糖类、氨基酸、腐殖酸等有机物，这些有机物直接参与到植物内部转化、代谢、合成等生物化学过程。
（2）提高矿物质元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有机酸类等，使土壤中难溶性矿物质养分转成可溶，有利于同亲脂性和细胞膜亲和，提高矿物质营养元素的有效性。
（3）提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可调节植物细胞质浓度，降低冰点使植物抗寒，生物碱、酸类物质抵御或杀灭病原菌和有害昆虫，增强植物抗病虫能力。
（4）激活、增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了充足的营养，使土壤微生物种群和数量增加。
（5）改善土壤理化性质。腐殖酸中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可全面改善土壤水、肥、气、热状况。
可以看出，它的优点是含有非常丰富的有机质、腐殖质和植物搜需要的很多种营养元素。有机肥它可以改良土壤和改善土壤中的重金属，可以提高土壤的结构、提高土壤的营养元素、增强土壤保肥保水能力、调节土壤酸碱度、促进土壤微生物活动、提高土壤养分有效性等都具有良好的作用。
缺点是它的养分浓度低，提供土壤营养元素非常的缓慢，因此对增产效果不是那么的明显。
施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤养分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。生物菌肥与有机肥配合使用效果最好，有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，另外有机质是微生物的食物，土壤中有机质越多微生物才能活的更好！
1、优点是可以改善土壤中的一些固定的营养元素，刺激根部的生长和吸收，也可以减少相应营养元素的施肥量。
2、缺点是它没有任何的营养元素，它也不能长时间的提供农作物的营养元素。由于菌肥是由活菌结构成的，通常它是忌阳光直射的也不能和农药混施，对土壤温度、湿度、酸碱度、有机质含量等环境条件的要求亦较为严格。
有机物为有益微生物提供大量食物，有益微生物促进有机肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。
随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。
由此可见，生物菌肥与化肥和有机肥、配合施用效果最好！但要想达到最佳的施肥效果，但是配合施用时就应注意以下几个问题。
一：注意施用时间
1、有机肥见效慢，应该提前施用，一般要在播种前或者在定植之前一次性的底施，使用之前最好选择完全发酵腐熟的有机肥，后期在追施效果就不如作底肥明显。
2、化肥它见效快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需。
3、生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
二、注意施用方法
1、有机肥主要作用是改善土壤，同时也可以提供养分，一般是要在农作物之前把有机肥施入土壤，所以要结合深耕，使有机肥和土壤完全混合在一起，使达到改善土壤的目的，土壤问题严重时要使用带腐殖质有机肥，它可以改善土壤重金属可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。
2、基肥中，因为有机肥中的养分以磷、钾、氮为主，要与有机肥搭配用化肥少施。磷肥和钾肥可以作底肥一次施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。
3、追施的化肥最好用全溶性速效肥为主，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。
4、生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。
三、注意施用量
不同的农作物不同的生育期，它们所需要的肥量也不同，不能多施也不能少施。应该根据它们所需要的肥比例去施肥，同时还要注意一点，要考虑到土壤中的营养元素，要做好全盘考虑。最好进行一次测土，按照测土配方进行施肥。
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