有机肥是不能完全代替化肥的。
推广有机肥，将牲畜粪便、秸秆等无害化处理制作成有机肥，不但能够减少污染，而且能够提高土壤的有机质含量，这对于我们耕地是有利的，但施使用有机肥并不能完全代替化肥。
有机肥在氮磷钾等含量是不够的，特别是氮素的供应上供应不足，中微量元素的供应是也不足的，加上作物在生长期还是需要一些速效的肥料来维持生长，所以有步骤的使用有机肥代替化肥是正确之路，如果全部使用有机肥来替代，可能会造成缺肥状态。
目前有机肥施用一般是有机肥作为基肥来施用，很多人在讲50%有机肥+50%复合肥，这个方案应该是从养分上来计算，而不是重量。虽然说多施用有机肥是有利于土壤改良的，但现在有些有机肥原料可能有问题，有可能造成重金属或抗生素等第二次污染，如果使用农家肥作为有机肥，一定也要将农家肥进行彻底腐熟。
